Статья: Политика России на православном Востоке
Первые контакты Александрийского патриархата и Москвы относятся ещё ко времени правления Василия III и Ивана IV, оба царя оказывали поддержку египтянам.
Император Николай I пожаловал значительную сумму на нужды Православной Церкви в Египте. На эти деньги патриарх Иерофей I построил в Каире новую резиденцию, украшал церкви, открывал училища. При патриархе Иерофее II (1847-1858) Московским митрополитом Филаретом состоялась передача Александрийскому Патриархату храма свт. Николая в Москве для устроения там подворья (1855).
В середине XIX века на Святой Земле была основана Русская духовная миссия. В 1882 году было образовано Православное палестинское общество, переименованное позже Императорское православное палестинское общество. Их трудами на Святой Земле было построено множество храмов, школ, больниц.
В начале XIX века сначала Восточная, а позже Западная Грузия были присоединены к Российской империи, автокефалия же Грузинской Церкви была упразднена. В феврале 1917 года в России произошла революция, а 12 марта в Грузии было провозглашено восстановление автокефалии Грузинской Церкви. Русская Церковь сначала не признала восстановление автокефалии, в результате чего произошел разрыв молитвенного общения между двумя Церквами. Общение было восстановлено в 1943 году при Московском патриархе Сергии и католикосе-патриархе Каллистрате.
В результате русско-турецких войн второй половины XVIII века Россия получила право покровительствовать православным валахам и молдаванам. В 1789 году Святейшим Синодом Русской Православной Церкви была учреждена Молдо-Влахийская экзархия. По Бухарестскому договору 1812 года, в состав России вошла Бессарабия (земли между реками Прут и Днестр), в то время как на территориях Молдовы и Валахии была восстановлена власть фанариотов.
В 1945 году при содействии Русской Православной Церкви была преодолена греко-болгарская схизма. 10 мая 1953 года на Третьем Церковно-народном соборе был выбран и торжественно интронизирован Болгарский патриарх Кирилл. Законность этого акта была признана Константинополем лишь в 1961 году по настойчивому ходатайству Русской Православной Церкви.